净慈禅寺，由吴越钱王建寺，初名慧日永明院。唐末五代显德元年（954），吴越忠懿王钱弘俶在西关门外西子湖畔之南屏山慧日峰下，肇建大伽蓝，迎请法眼宗二世道潜禅师居之，道潜请塔下十六应真（罗汉）铜像供养于永明院，恰与忠懿王梦境（十六尊者乞随禅师入寺）契合，遂在永明院兴建罗汉堂，成为中土寺院有罗汉堂（殿）之滥觞。宋绍兴年间始改今名，南宋时位列禅院“五山十刹”前三甲。后经元、明两代，屡有毁建，至清代康熙、雍正、乾隆三朝皆多加重视。近现代因时局变迁，寺院一度甚为凋零。改革开放之后，宗教政策逐步落实，寺院逐步得到恢复。1983年经国务院批准，净慈禅寺被列为全国汉传佛教重点寺院。

历史上西湖南山一带百余座寺院，净慈禅寺为众寺之冠，被誉为“湖南佛国”首刹。自道潜禅师开山，永明延寿大师驻锡，历代高僧辈出、名流荟萃。开山祖师道潜禅师是法眼宗高僧。首任住持永明延寿大师为弥陀应身、净土六祖、法眼三祖，并有“举一心为宗，照万法如镜”的《宗镜录》传世。两度住持净慈禅寺的如净禅师被尊为曹洞宗十三代祖师，并被日本曹洞宗奉为始祖。历代高僧中民间影响最大、流传最广的道济禅师，至今在东南亚各国济公信仰者众多。

千年以来，净慈禅寺凡历住持百余代，接法于历任住持、并被记录流传后世、具有相当影响力的法嗣近三百余位。净慈历代高僧于佛法、文学、艺术造诣颇高，文人墨客由此多有往来。北宋文人苏东坡与寺僧谦禅师结下的深厚茶谊，开启了净慈与文士的千年茶缘。南宋诗人杨万里寓居净慈，期间逢好友林子方来访，作诗《晓出净慈寺送林子方》并流传至今。明代大儒王阳明往来杭州期间数次居于净慈。明朝董其昌客居净慈，留书《金刚经》，后刻制于石。

作为西湖宗教文化史迹之一，寺院地理位置、自然环境得天独厚，寺内古木林立、遗迹众多。有西湖十景之“南屏晚钟”，济公胜迹的“运木古井”，莲池大师首开放生之风的“放生池”，康熙皇帝御制重修净慈寺碑文的“御碑亭”，乾隆皇帝御赐并制的“净慈寺方丈咏古碑”，南宋石田法熏禅师以禅杖叩地开凿的“双井”，供奉永明延寿大师舍利的“永明塔院”，重修于晚清的“如净禅师塔”等。

2015年，净慈禅寺在民国原址上复建济公殿。这一工程依据的历史文本是宋代的《营造法式》，并参考江南木构建筑的样式，构架形成了当代类宋式建筑体。在景观、院落与殿堂布局的细节上，蕴含了历史、文化、宗教意涵，体现出引人入“静”的空间营造。后释迦殿正式对外开放，于殿前远观，雷峰塔、西子湖胜景尽在一览中。净慈寺美术馆于释迦殿下层落成，旨在以佛教文化为引，融汇艺术、文化等有益大众的传统元素，通过物品的陈设、展线的布局、文化脉络的指向，呈现中国传统文化的内涵。

净慈禅寺，在历史人文与祖师信仰的传承基础上，以“信仰着陆”作为立寺之基、未来营造缘起，将文化美学、信仰禅意融入空间营造、寺院生活之中，让入寺之众感知喜乐、安稳的身心状态。寺院是信仰的承载，是心灵智慧的悟道门，未来净慈禅寺发展以宗教信仰、文化信仰、祈愿信仰为根本，进行信仰建设、文化建设、服务建设、空间建设，在此“三种信仰”和“四项建设”的逐步落实下，树立正信佛教，传承寺院文化，健康民间信仰。